Прошло 13 лет после операции по зачистке фавел перед приездом Папы Римского. Полковник Насименту развёлся с женой и теперь возглавляет спецподразделение военной полиции BOPE (Батальон Специальных Полицейских Операций). Во время подавления мятежа в одной из тюрем капитан BOPE Андре Матиас, вопреки просьбам правозащитника Диогу Фраги, который пытался решить дело мирным путём, убивает вооружённых заключённых и их главаря. История попадает в прессу, Фрага обвиняет спецотряд и губернатора в излишней жестокости, и в итоге Насименту снимают с должности и переводят в Секретариат Безопасности, где он должен курировать прослушку и наблюдение. Решив использовать новую власть и возможности, Насименту увеличивает боевую мощь BOPE и проводит масштабные рейды по зачистке трущоб от банд наркоторговцев. Казалось бы, теперь в проблемных районах должна наступить мирная жизнь, а коррупция среди полицейских должна исчезнуть. Но криминальная система приспосабливается к новым обстоятельствам и начинает приобретать ещё более разветвлённые формы.
